В 1549 году в Кубе произошло антишахское восстание во главе с одним из наследников дома кайтагских уцмиев, Бурхан-мирзой. Только в результате организации второго похода войск шаху удалось разбить его отряды, отступившие в горы Дагестана.
В 1549 году Бурхан-мирза вместе с кайтагцами напал на Ширван, расправился с шахскими ставленниками. Однако он со своими союзниками вынужден был все же вернуться в Дагестан. В Ширване снова восстановилась власть Сефевидов. Они угнетали и народности Южного Дагестана, поскольку в 1554 году кумыкские владетели и уцмии Кайтага по повелению султана поддержали одного из потомков ширваншахов, Касим-мирзу, перешедшего на сторону Турции. Однако Касим-мирза был разгромлен бейлербегом Ширвана Абдулла-ханом и отступил в Табасаран. Но он и там не нашел поддержки. Можно полагать, что табасаранцы опасались навлечь гнев шаха. Поэтому они воздержались от оказания помощи Касим-мирзе, и он отказался в силу сложившихся обстоятельств командовать янычарским отрядом.
В 1555 году был подписан мир между Турцией и Сефевидским государством. Закавказье было поделено на сферы влияния между ними. Западные части Грузии и Армении отходили к Турции, а их восточные области – к Сефевидам. Дагестан попал в сферу влияния Сефевидов. Однако открытых антисефевидских восстаний в Дагестане в этот период не произошло.
Такое затишье продолжалось до смерти шаха Тахмаса в 1576 году. Наследовавший ему Исмаил II правил всего год, поскольку его отравили. Шахом был провозглашен его брат Мухаммед. Этот слабохарактерный человек, подверженный влиянию гарема, почти не интересовался государственными делами. В годы его правления в Сефевидском государстве часто возникали феодальные усобицы, тяжело отражавшиеся на положении народных масс.
По словам А. Бакиханова, «во время этого всеобщего расстройства общественного порядка ширванцы пригласили к себе Абу-Бекр-мирзу, сына Бюрган-мирзы, проживавшего в Черкессии и Дагестане, который, собрав 2-3 тысячи войска, начал восстание. Поддерживая возмущение, он послал нескольких ширванцев к турецкому султану Мураду, испрашивая у него помощи (против персиян) для взятия Ширвана.
Султан Мурад учтя все это, решил в 1578 году начать войну против Сефевидского государства. Снова спор шел за господство над Закавказьем. Он касался и Дагестана. Султан Мурад отправил на Кавказ огромную армию во главе в Мустафа-Леле-пашой. В то же время султан повелел крымскому хану Магомед-Гирею двинуться с войсками через Северный Кавказ в Ширван на помощь Мустафе-Леле-паше.
Народы Северного Кавказа и Дагестана оказались втянутыми в эту ирано-турецкую войну, поскольку крымские войска проходили через Дагестан на юг в 1578 и 1579 годах. Их походы были для дагестанцев довольно тяжелыми, так как крымцы требовали у местных жителей корма, фуража, продовольствия и транспортных средств.
Тем не менее, на первых порах дагестанцы оказывали им поддержку, поскольку рассчитывали сбросить с их помощью сефевидское иго. В частности, к крымскому царевичу Адиль-Гирею, прошедшему осенью 1579 года с 35-тысячным войском через Дагестан в Дербент, примкнуло «четыре или пять тысяч лезгин и ширванцев». Адиль-Гирей погиб в походе. Более того, народы Дагестана совместно с ширванцами восстали против кызыл-башей и вынудили шахского наместника Арас-хана покинуть Закавказье.
Военные действия между Сефевидами, с одной стороны, и крымскими и турецкими войсками – с другой, длившиеся до 1590 года отрицательно повлияли на экономическое положение населения Дагестана. Особенно тяжело они отражались на положении Южного Дагестана, Дербента и прилегавших к нему населенных пунктов, которые не раз становились ареной военных действий. Народам Дагестана удалось в создавшихся тогда условиях освободиться от гнета Сефевидов, борьбу против которых они не прекращали и вели в разных формах в течение XVI века. Однако, освободившись от их ига, Дагестан, согласно условиям ирано-турецкого мирного договора 1590 года, отошел к Турции и вскоре оказался под тяжелым гнетом турок.
