Во второй половине XVI – начале XVII века населению Дагестана, в частности Северного Дагестана, пришлось вести борьбу за независимость и от царской России, стремившейся после взятия Астрахани в 1556 году утвердиться на Северном Кавказе, в Прикаспии и Дагестане. Царское самодержавие в лице царя Ивана Грозного повело наступление на юго-восток, чтобы реализовать планы проникновения из Астрахани на Северный Кавказ, в Дагестан, а далее – в страны Закавказья.

Несомненную роль играло при этом и стремление Москвы взять под свой контроль трассу международного торгового пути, шедшего из Европы через Москву по Волге, Каспию или Прикаспию через Дагестан в страны Закавказья и Иран.

Царское правительство стремилось поскорее утвердиться в Дагестане, чтобы не дать Турции и Ирану опередить его, поскольку правители этих стран, особенно Турции, в конце XVI века довольно энергично пытались решить северокавказскую проблему, в частности дагестанский вопрос, в свою пользу.

Иван Грозный, проводивший жесткую внутреннюю политику, не особо церемонился и в вопросах внешней политики. Он энергично взялся за решение вопросы западного Прикаспия, Дагестана. Формально Иван IV оправдывал свои действия на Северном Кавказе необходимостью оказать содействие кабардинскому князю Темрюку Идарову, на дочери которого Марии он был женат. «Добровольное» присоединение Кабарды в 1557 году к России было, как бы упрочено этим браком царя на Марии, который кончился печально для нее. Направление действий войск Ивана IV в сторону Дагестана в этот период объяснялось обострением отношений кабардинского князя Темрюка с шамхалом казикумухским, борьбой их за приоритетное положение на Северо-Восточном Кавказе.

Неоднократные просьбы кабардинских феодалов оказать помощь в борьбе с шамхалом, чьи владения прилегали к Каспию, послужили поводом к первому походу царских войск на Северный Кавказ.

Уже в 1557 году кабардинское посольство просило от астраханских воевод помощи против Будай-шамхала.

Просьба была повторена в 1560 году. Организован он был «по неправдам шевкаловым». Возглавил его один из видных воевод Ивана Грозного Иван Черемисинов. Он повел войска из Астрахани морем на Тюмен, заняв ее, двинулся на юг и высадил десант у Тарков.

Шамхал оказал сопротивление царским войскам в сражении, длившемся полдня. Потом шамхал отступил в горы, оставив Тарки. Черемисинов ограбил и сжег Тарки, взял много пленных, освободил «много полону русского» и вернулся в Астрахань. Причины этого похода были разные – в их числе обращения кабардинских феодалов, и даже шамхала, просившего помощь против крымшамхала.

Вопрос о целях и планах этого похода сложен. Имеется мнение, что «запланированный захват Тюмени и шамхальства не состоялся, не прошел Черемисинов в Кабарду», что «даже русские источники не определяют поход русских войск 1560 году как победный». Что «Черемисинов был отброшен шамхалом», поскольку «иначе трудно объяснить, почему русский воевода отказался от выполнения царского приказа: захвата Тюмени, шамхальства и продвижения на соединение с кабардинцами». Утверждается, что этот поход не достиг намеченных целей. Владетели шамхальства поняли, какая угроза их независимости движется на них с севера.

Обострило ситуацию в крае и начало строительства российских крепостей в бассейне Терека.

Столкновение дагестанцев с царскими войсками имело место и в 1566 году. Произошло оно не в Дагестане, а в Кабарде, где шла война темрюковцев с пшеапшуковскими «улусами». На стороне последних выступил шамхал Будай, приведший войско из Дагестана.

В кровопролитной битве Пшеапшука и Будай потерпели поражение от русско-кабардинского войска. Шамхал Будай был убит. Но объединению князей во главе с Темрюком был нанесен ощутимый урон. По просьбе последних в 1567 году и был сооружен на Тереке у впадения в нее реки Сунжи городок, известный в исторической литературе как Сунженский (Сунженское городище). Он был в 1571 году снесен по требованию Турции, но в 1578 году его восстановили, и находившиеся в нем царские войска разгромили крымские отряды, возвращающиеся из Ширвана в Крым.